为构建农业科技创新体系，强化科技创新，引领现代农业发展，重庆市委、市政府于2005年初决定筹建重庆市农业科学院，当年底正式发文选址九龙坡区白市驿镇，以原市农科所、市果树所、市作物所、市茶叶所、市农机所为基础，组建成立重庆市农业科学院。全院以“西部一流，全国先进”为建院目标，下设9个职能处室、14个科研机构，主要开展农业科技基础研究、应用技术研究、农业资源与生态环境保护研究、农业机械与工程技术研究、农业科技培训、学术交流、科研成果转化与推广。围绕“科研立院”，构建了水稻、玉米、蔬菜、杂粮、茶叶、果树、农业机械与工程、农产品质量标准、农业经济、生物技术、农业信息、资源环境、农产品加工等14个学科，学科体系涵盖了整个种植业产业链。截止“十二五”末，共审（鉴、认）定新品种179个，获得国家品种权保护48个，获得专利84项，公开发表科技论文1159篇，获奖省部级以上成果奖励52项，其中主持完成的杂交水稻Q优2号、Q优6号、玉米自交系S181等成果分获重庆市科技进步一等奖和全国农牧渔业丰收奖一等奖，参与完成的“人工合成小麦优异基因发掘与川麦42系列品种选育推广”获国家科技进步二等奖；我院在高温伏旱区优质水稻与加工辣椒育种等方面，在国内具有优势地位；在糯玉米育种、针形名优茶研制和早熟柑橘培育等方面，在西南地区处于领先水平。围绕“人才兴院”，搭建了院士专家工作站和博士后科研工作站等高层次人才引进平台，袁隆平、方智远、荣廷昭、陈宗懋等院士专家团队受邀进入院士专家工作站开展相关工作；实施“百名博士引进培养工程”，强化了人才培养与引进工作，开创了全院人才工作新局面。截止“十二五”末，全院拥有副高以上技术职称人员192人，其中具有博士学位人员40人、硕士学位117人；3人受聘为国家现代农业产业技术体系岗位专家，5人成为体系重庆综合试验站站长，1人成为新世纪百千万人才工程国家级人选，1人成为“重庆市杰出专业技术人才”，享受国务院特殊津贴专家增至9人，市级学术技术带头人9人。围绕“服务强院”，高度重视成果转化和科技服务，着力推动全院科技产业发展，助推地方经济发展。针对重庆农业产业发展需求，先后在南川、武隆、石柱等地建立5个区域性研发机构，在全市建立了100余个科研试验示范基地，常年转化、推广各类作物新品种80余个、先进实用技术60余项，并积极开展相关技术培训与服务和科技扶贫、精准扶贫等工作，助推石柱成为西南地区“辣椒第一大县”和“中国辣椒之乡”，潼南成为中国西部“绿色菜都”，有效提升了全市农业生产水平。借助成果转化平台，先后在越南、孟加拉、柬埔寨、坦桑尼亚等国家建立了试验示范基地，示范推广自主培育的水稻、玉米、蔬菜等各类优良品种，助力中国农业“走出去”发展战略，为国争光。出色完成农业部和重庆市的农产品质量安全例行监测、农产品质量安全风险评估、“三品一标”认证检测工作，以及区县农产品检测机构人员培训等任务，支撑引领了全市农产品质量安全体系建设，为全市农产品质量安全工作水平的提高做出了积极贡献。